REMD

1. REMD tutorial: Bevezető


Ala7A biomolekuláris szimulációk egyik legfontosabb eszköze a molekuladinamika (MD). A módszer legfontosabb jellemzője, hogy a molekula atomjai közötti kölcsönhatást nem kvantummechanikai, hanem klasszikus mechanikai eszközökkel írja le. Érdemes megjegyezni, hogy ennek  az a következménye, hogy  nem tudjuk kezelni a kémiai kötések keletkezését és felbomlását sem. Így a molekulára jellemző kötések (a molekula topológiája) a módszer inputjai.

 Számos számítógépes programcsomag hozzáférhető ezen a területen [Desmond, NAMD, AMBER CHARMM, Gromacs]. Ezek a programok számos parallel platformon futtathatók, az asztali gépektől, a szuperszámítógépekig a grafikus processzorokat is beleértve. Ebben a tutoriálban a GROMACS programot használjuk (a 4.5 vagy 4.6  verziót). A program letölthető a Gromacs web-oldaláról, ahol leírása és más segédanyagok is elérhetők. Az alapvető és összetettebb funkciók használatáról számos tutorialt találhatunk a neten. Ezekből valamint a Gromacs kézikönyvéből elsajátíthatók a program kezelésének alapjai. A továbbiakban ismertnek tételezzük fel a Linux alap parancsait csakúgy mint az egyszerű bash scriptek írásához szükséges ismereteket is.  

Az alábbiakban „Temperature replica exchange MD” használatát mutatjuk be az NIIF Szegedi Szuperszámítógépén. Ez a tutoriál a Gromacs homlapján található szűkszavú REMD „HOW-TO” és  Mark Abraham a „GROMACS USA Workshop and Conference”-re készült munkájának felhasználásával készült.


Start

A tutorial a TÁMOP-4.2.2.C-11/1/KONV-2012-0010 projekt keretében készült. ÚSZT-logo

2014-07-11