N-1. Rövidítések

N-1.1. Egyszerű nukleotidok

Az önálló nukleobázisok és nukleozidok rövidítéseit lásd az N-2.2 szabály alatt. A közönséges ribonukleozidok 5'-mono-, di-, és trifoszfátjai jelölhetők az adenozin sorozat példáján szemléltetett AMP, ADP, ATP szokásos rövidítésekkel. Az egyéb nukleozidok megfelelő származékai az N-3.2 szabály jelöléseit felhasználva hasonlóan rövidíthetők, pl. A, C, G, I, T, U, , X az ismert nukleozidokhoz; az R a meg nem határozott purin, az Y a meg nem határozott pirimidin nukleozidokhoz; az N a meg nem meghatározott bármilyen nukleozidhoz (amely nem lehet X vagy Y); B, S, és D rendre az 5-bróm-uridinhez, tiouridinhez, és 5,6-dihidrouridinhez. Az orotidin jelölhető O-val, mely OMP esetén az orotidin 5'-foszátra utal.

A di- és trifoszfátok esetenként jobban kifejezhetők az alternatív ppN vagy pppN formával, mint például az alábbi polimerizációs egyenletben n ppN (pN)_n + n P_i, vagy pl. n pppN (pN)_n + n PP_i, vagy amikor egy speciális jelzés eredményét jelöljük, pl. n ppN (N)_n + n PP. Az uridin-difoszfát-glükóz UDPG vagy UDP-Glc formában jelölhető; az utóbbi forma javasolt, amennyiben a G, mint glükóz és G, mint guanozin félreértésre adhat okot.

A nukleozidok és nukleotidok kémiájának szövegkörnyezetében a szisztematikusabb hárombetűs jelölések (N-2 szabály) használandók, pl. Ado-5'PPP vagy Urd-5'PP-Glc (N-2.4.3. szabály).

N-1.2. Nukleotid koenzimek és rokon vegyületek

1. megjegyzés. Korábban difoszfopiridin nukleotid (DPN, DPN⁺, DPNH) és koenzim I.

2. megjegyzés. Korábban trifoszfopiridin nukleotid (TPN, TPN⁺, TPNH) és koenzim II.

A NAD és NADP analógjai (az általános kifejezésben nem szükséges sem a plusz jel sem a H) elnevezhetők az N vagy az A helyett használt megfelelően definiált szimbólummal. Például AcPd (acetil-piridin) az N helyett vagy I (inozin) az A helyett, stb. A félszisztematikus nevek használata (l. az N-2 szabályt) gyakran előnyös ezen dinukleotidok kémiájának tárgyalásánál. Például: NADP = Nir-5'-PP5'-Ado-2'P (Nir = nikotinamid-b-_D-ribofuranozid).

N-1.3. Nukleinsavak

N-1.3.1. A nukleinsavak két fő típusa a szokásos rövidítésükkel jelölendő, RNS [ribonukleinsav vagy ribonukleát (sóként)] és DNS [dezoxiribonukleinsav vagy dezoxiribonukleát (sóként)]. A ribonukleoproteinek és dezoxiribonukleoproteinek nem rövidítendők.

N-1.3.2. RNS szakaszok

Az RNS vagy DNS szakaszai vagy az RNS készítmények gyakorlati funkciói a következőkkel jelölendők:

Megjegyzés. A transzfer RNS helyettesíti az "oldható" RNS-t (sRNS), amely a továbbiakban nem használatos erre a célra. Az az RNS, mely oldható 1 M sóoldatban vagy nem ülepedik 100 000 x g-nél vagy 4 S szedimentációs állandót mutat, nem tekinthető sRNS-nek.

Ezek általános kifejezések és használhatók mind a készítményekre, mind a specifikus molekulákra.

N-1.3.3. Transzfer RNS-ek

A transzfer RNS-ek, melyek egy specifikus aminosavat kötnek meg a következők szerint jelölendők (az alanin tRNS példáját használva):

a) nem acilezett: alanin-tRNS vagy tRNS^Ala;

b) acilezett: alanil-tRNS vagy Ala-tRNS^Ala.

Magyarázat. (i) A kötőjel (a b esetben) az aminoacil kötést jelzi és nem egy jelzős szerkezetre utal; (ii) a kapcsolt aminoacil rész (a b esetben) egy -il végződést kap, ellenben a nem acilezett formát (a) leíró utótag nem; (iii) a felső indexben az aminosavrészek konvencionális három betűs szimbólumai alkalmazandók [1], [9] - egy nagy és két kisbetűvel.

Izoakceptorok, azaz, ha két vagy több tRNS ugyanazt az aminosavat képes megkötni/hordozni, akkor ez az alsó indexben jelölendő. Például: ,

A rövidítés előtt vagy után zárójelben megjelölhető az RNS forrása, például: (E. coli) , alanil- (E. coli).

Sajátságos a metionin-tRNS (tRNS^Met) azon problematikája, hogy egyrészt aminoacilezhető Met-tRNS-sé, másrészt az utóbbi tovább formilezhető fMet-tRNS-sé, amely úgy oldható meg, hogy alsó indexben használjuk az f betűt (az izoakceptor pozíciónál) vagy a tRNS^fMet jelölést alkalmazzuk. Így a (vagy tRNS^fMet) Met-tRNS^fMet-té (vagy Met-tRNS^fMet-té) konvertálható enzimatikusan, majd -té (vagy fMet-tRNS^fMet-té); a Met-tRNS^Met nem formilezhető enzimatikusan.

Jelölések

Általános elvek és konvenciók

Két rendszer ismert, a "hárombetűs" és az "egybetűs" rendszer. Az előbbi (N-2 szabály), a polimerekben található aminosav-, és cukorrészekre vonatkozó rendszerek [1] mintájára, főleg a nukleobázisokat, nukleozidokat, nukleotidokat és nagyon kis oligomereket érintő kémiai munkák leírására vagy ezek minimális helyen történő jelölésére (mint kromatogramokon, ábrákon vagy táblázatok fejlécében) lett tervezve. Az "egybetűs" rendszer (N-3 szabály és N-4 szabály) pedig az oligonuleotidok, polinukleotidok vagy részeik jelölésére, valamint ezek nemkovalens asszociációira, nem pedig mononukleotidokra és nukleozidokra. Egyik rendszernek sem célja az utóbbi vegyületek neveinek helyettesítése a szövegekben.